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医院现有国家卫生计生委重点专科（针灸、心血管）2个，国家中医药管理局重点专科（中医儿科、中医骨伤、针灸与心血管）4个，省级重点专科（儿科、针灸、骨伤、精神心理、肾病、制剂、消化、护理、肛肠、老年病、妇产、风湿骨病、北院护理、针灸护理、肿瘤）15个。甘肃省中药炮制工程技术中心，国家中医药管理局中药炮制传承基地与甘肃省中医药防治慢性疾病重点实验室为我院的科技创新提供了有力支持。近5年医院在科研方面发展迅速，获国家自然科学基金项目14项、吴阶平医学基金项目6项，国家、省、市级科研项目共100多项。